我們知道，
液體自動進樣器在日常分析過程中，誤差大小10%來源于所操作儀器，而90%來源于樣品的予處理好壞，不同的樣品予處理技術和方法的優缺點又存在很大不同，其中若采用頂空進樣(氣相萃取)氣相色譜分析，可實現幾乎任何樣品中的可揮發性化合物準確、簡單、快速地分析。因為頂空進樣極其容易的實現了對液體和固體樣品的無溶劑萃取，可以說從根本上消除了如：吸附解附和溶劑萃取等樣品前處理方法中，可能出現的錯誤和問題。
液體自動進樣器可以對任何樣品體系中的揮發性化合物進行簡單快速的色譜分析，使分析工作者大大減少了樣品處理的煩瑣的過程和時間。故障容易被發現，有時液相色譜儀系統出了故障而不能確定是否是故障，可以用手動進樣幾次，或用一臺好的代替，如排除了故障，說明有了問題。不同廠商的差異很大，除一些共性故障外，較好查閱操作手冊。
液體自動進樣器的常見故障以及解決辦法
(1)注射器內部產生氣泡
a.清洗液內部的氣體沒有排凈，當遇到環境溫度過高時，液體內部的氣體逐漸釋放出來，產生了氣泡。解決的辦法：
預先將清洗液在超聲波清洗器震蕩和抽氣。如果沒有超聲波清洗器，則可將蒸餾水加熱除氣。
b.注射器內壁及活塞不潔，造成清洗液表面張力的改變，產生了氣泡。解決方法：清洗注射器的玻璃管內壁和活塞。
c.注射器活塞的密封環漏氣，解決方法：更換密封環。
d.有關管路的接頭處沒有旋緊，產生漏氣。解決辦法：再次緊固接頭。
(2)測試結果重現性不良
當排除了上述原因后，最大可能是：進樣針外襯管與針頭的間隙收到污染或變形。
這種故障很是隱蔽，最難判斷。不要說一般使用人員不知曉，就是專業維修人員也容易忽略此處。
這個地方最容易“藏污納垢”，致使產生“記憶效應”。尤其是石墨管的進樣孔很小，很容易與進樣針發生“刮蹭”，當襯管受到刮蹭后，襯管口產生外翻，那麼該間隙就更大了，記憶效應則更加明顯了。
解決的方法是：首先將進樣針放到熱水中浸泡一會兒，待到外套管變軟后，取下外套管并放到超聲波清洗器中超洗或者重新修整外襯管
值得注意的是：當安裝復位時，修整后的塑料套管需要再次在熱水中泡軟，并用V型細砂紙作為夾持物，這樣可避免打滑及損傷襯管。
(3)進樣軟管內部生長了霉菌
這種情況一般發生在長期不用液體自動進樣器的情況下，使得霉菌得以在軟管內滋生，造成因管阻變化而引起的進樣量的不穩定。
解決方法：a.首先取下進樣針及軟管，一起放入到超聲波清洗器中用溫水超振。
b.將整套進樣管連接到液相色譜用的泵上或連接到醫用注射器上，用甲醇(使用液相泵時)或10%硝酸溶液(使用注射器時)充分沖洗。
c.最后用蒸餾水充分沖洗。
